Több forrás szerint is komoly befolyása volt a Magyarországi Református Egyház vezetőjének, aki köztársasági elnöki tanácsadó is.
Novák Katalin szombaton lemondott köztársasági elnöki posztjáról, miután nagy vihart kavart, hogy kegyelmet adott a bicskei gyermekotthon pedofil-botrányba keveredett egykori igazgató-helyettesének. A beszédében azonban nem indokolta meg, hogy miért döntött a kegyelem mellett.
A Telex és Direkt36 vasárnap esti cikkében arról ír, hogy több kormányközeli forrástól származó információjuk szerint "a kegyelmi ügyben fontos szerepet játszott Balog Zoltán, a Magyarországi Református Egyház vezetője, korábbi miniszter, Novák tanácsadója és régi mentora".
Egy forrás pedig elárulta, hogy a botrány kitörésekor Novák Katalin munkatársai és Orbán Viktor csapata is magyarázatot kért Balogtól. Ő azzal védekezett, hogy nem az ő döntése volt ez, hanem a református egyház vezetéséből többen is azt szerették volna elérni, hogy a családilag jó református kapcsolatokkal rendelkező K. Endre kegyelmet kapjon.
A lap írása szerint egy jó kormányzati kapcsolatokkal rendelkező ellenzéki politikus is azt mondta, hogy Fideszből és az elnöki stábból is többen úgy vélték, „politikailag egyértelműen Balog nyomulása volt a kegyelem mögött”. Volt, aki szerint „Balog bejárt a Sándor-palotába intézkedni”, és „mindenben kavart”.
A kegyelmi botrány kitörése után Balog Zoltán a közösségi oldalán csak annyit írt: „Visszavonulni néhány hétre imádkozni, gondolkodni, olvasni és írni Isten csendjében. Micsoda ajándék!”.
Több forrás is azt állította, hogy Balog Zoltán és Novák Katalin régóta szoros kapcsolatban állnak, és a 2022-es elnökké választása után a tanácsadói testület tagja is lett.
